Գրաճանաչություն սովորել է Հայրենի քաղաքում: Ուսումը շարունակել է Հառիճի վանքի դպրոցում և Էջմիածնի Գևորգյան ճեմարանում: 1893-1895թթ սովորել է Լայպցիգի (Գերմանիա),1897-1902թթ Ցյուրիխի (Շվեյցարիա) համալսարաններում՝ ուսումնասիրելով գրականություն ու փիլիսոփայություն:
Կյանքի հանգամանքները պարտադրել են երկար տարիներ ապրել՝ Գերմանիայում,Իտալիայում,Շվեցարիայում:1936թ Ա. Իսահակյանը վերադառնում է հայրենիք:Նրա կյանքի վերջին տարիներն անցնում են համաժողովրդական սիրո ու մեծարանքի մեջ: Ժողովուրդը նրան տվել է Վարպետ պատվանունը:
Ա. Իսահակյանը վախճանվել է 1957թ հոկտեմբերի 17 և հանգչում է Երևանի Կոմիտասի անվան զբոսայգում Հայոց Մեծերի Պանթեոնում: